মিজানুর রহমান ১৯৯০ সালের ২৬ জানুয়ারি ঢাকা জেলার ডেমরা থানায় জন্মগ্রহণ করেন। তার পৈতৃক নিবাস কুমিল্লা জেলার মুরাদনগরের পরমতলা গ্রামে।তার পিতা একজন মাদ্রাসা শিক্ষক ও মাতা গৃহিণী। ছোট বেলা থেকে তিনি মাদরাসায় পড়াশোনা করেন। পরে তিনি আল-আজহার বিশ্ববিদ্যালয়ে বৃত্তি পান। মিসরের আল আজহার বিশ্ববিদ্যালয়ে পড়াশোনার কারণে তার নামের সাথে ‘আজহারী’ উপাধি যুক্ত হয়েছে।